28/04/13

La perfezione della sintesi proteica

Eh... questa parte si che è difficile... 
Invoco la divinità della scienza per aiutarmi in questo arduo compito: spiegare in modo chiaro la indescrivibile sintesi proteica.
Vediamo, prima di iniziare vorrei rimembrare a voi tutti (mamma mia come sono poetica) il fatto che ad ogni sequenza di tre basi azotate (chiamata anche codone) corrisponde un determinato amminoacido (vedi tabella) ....

Detto questo possiamo iniziare. 
La sintesi proteica è il processo grazie alla quale dalla lettura del mRNA possiamo ottenere le varie proteine utili al nostro organismo.
Vi ricordate il post precedente? Avevo ''spiegato'' un po' come viene creato l'RNA.. Ecco nella sintesi proteica quel processo è importantissimo per la formazione del mRNA ed è chiamato trascrizione.
Una volta ottenuta la copia del DNA, però, la sequenza di nucleotidi da tradurre in amminoacidi non è ancora completa...
L'RNA messaggero infatti per maturare deve prima ''affrontare'' tre diversi passaggi :

  1. Viene aggiunto ad esso un cappuccio (all'estremità 5') che gli permetterà di ''oltrepassare'' il nucleo e raggiungere i ribosomi, le ''basi d'attacco'' della sintesi proteica.
  2. All'altra estremità 3' viene aggiunta la coda poli-A (composta da sequenze di sola adenina) con il compito di mantenere la struttura dell'mRNA.
  3. Infine la sequenza deve affrontare il processo dello splicing ... l' mRNA è formato infatti da diverse parti, gli  esoni, quelli utili e che verranno ''letti'' e gli introni, parti invece che non verranno considerate. In questa fase per cui, in un grosso complesso molecolare chiamato spliceosoma, gli introni vengono eliminati e si crea così un mRNA maturo pronto per essere letto (c'è da notare che spesso dei mRNA identici possono formare diversi RNA messaggeri maturi).

Spiegato come funziona la trascrizione possiamo parlare un po' di quello che è il processo principale della sintesi proteica: la traduzione.
L' mRNA maturo infatti raggiunge, come già detto, i ribosomi; essi sono formati da proteine e rRNA e composti da due parti: la subunità minore, che fornisce la base d'attacco per mRNA e la subunità maggiore, composta da tre siti di attacco per l'RNA transfer, e cioè il portatore degli amminoacidi.
Ogni tRNA ha infatti un diverso amminoacido legato al sito di attacco di esso (sempre con sequenza  ACC) e variante a seconda della sequenza del suo anticodone (complementare al codone dell'mRNA).

Esiste una prima fase nella traduzione , l'inizio in cui l'mRNA maturo raggiunge la subunità minore del ribosoma; la sintesi inizia sempre con la tripletta AUG a cui si ''appoggia'' l'anticodone UAC del RNA transfer portatore della fMet (per meglio dire formilmetionina)(questo amminoacido è importante per la sintesi proteica dei procarioti o dei mitocondri, non per gli eucarioti) e che occuperà il sito P della subunità maggiore del ribosoma (i siti di attacco in ordine sono chiamati sito E, sito P e sito A).


Eseguita la fase del complesso di inizio, può iniziare l' allungamento della catena polipeptidica; infatti si aggiunge poi, a seconda della sequenza del codone del mRNA, il tRNA con anticodone  complementare ad esso e portatore di un determinato amminoacido (il sito di attacco è A) , che a contatto con la fMet (o anche altri amminoacidi) creerà un legame peptidico tra essi. 


Questa fase , a cui poi all'aggiunta di un nuovo trasfer quello più esterno verrà eliminato (sitoE) lasciando solo l'amminoacido, si conclude quando nella sequenza del mRNA  incontra una delle sequenze di arresto (UAG - UGA - UAA), che (non avendo un determinato tRNA) richiama una proteina, il fattore di rilascio, grazie alla quale termina la sintesi proteica.




''Invito alla biologia.blu   Zanichelli ''
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23/04/13

Meno male che c'è l' RNA

Ok.Sono in ritardo con la pubblicazione di post...
Per cui iniziamo.
Negli ultimi post ho spesso nominato l'acido ribonucleico (RNA) ... ma vediamo meglio che cosa lo differenzia dal DNA.
Innanzitutto le molecole di Rna contengono come zucchero il ribosio, e non il desossiribosio (contenuto nel Dna), al posto della timina presentano una diversa base azotata, l'uracile e solitamente l' Rna è composto da un unico filamento di basi azotate.
Negli ultimi anni l'importanza e il ruolo di questo polimero molecolare è stato completamente rivalutato e sono stati scoperti i ''compiti'' di questa meravigliosa sostanza.

RNA Messaggero
L'RNA messaggero (mRNA) ha il compito di ''dare informazioni'' durante la trascrizione del DNA ed è fondamentale per la sintesi proteica, di cui parlerò in un successivo post..
RNA Transfer
L'RNA transfer (tRNA) è importantissimo per il trasporto di proteine dai siti di sintesi proteica.
RNA Ribosomiale
Questo RNA (rRNA) è fondamentale componente dei ribosomi, essenziali per la decodifica dell' mRNA .


Ma come riusciamo ad ottenere tutto questo RNA? Beh come per il DNA anche per questo polimero esiste un processo di ''duplicazione''... e indovinate come si chiama? RNA polimerasi.. si devo dire che gli scienziati hanno molta fantasia per i nomi..
A parte gli scherzi, ora cercherò di spiegare questo affascinante processo direttamente collegato al DNA ...
Il compito dell' RNA polimerasi è quello di creare (o meglio trascrivere) un filamento di RNA complementare a porzioni scelte di DNA.

Possiamo ''dividere'' il procedimento in tre fasi principali:

  1. INIZIO: Da particolari sequenze di DNA dette promotori (su cui è situato l'enzima del RNA polimerasi) viene divisa la struttura a doppia elica e ''letta'' da questo enzima (questo procedimento è favorito da una proteina chiamata fattore sigma).
  2. ALLUNGAMENTO: l'RNA polimerasi trascrive il filamento stampo (il ''pezzo'' di DNA letto) in un altro filamento complementare di RNA (naturalmente cambia per l 'uracile, non presente del DNA).
  3. TERMINAZIONE: Il processo di trascrizione termina dopo l'incontro di determinati nucleotidi nel DNA.



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''Invito alla biologia plus'' Zanichelli
Immagini prese da:
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02/04/13

In un granello di sabbia

Girovagando qua e la nel web mi capita spesso di cadere in quello che è l'immenso mondo del conosciutissimo sito TED...


Non so per quale motivo ma mi sembra carino consigliare la visione di un video riguardante il ''micromondo''.. spesso non ci accorgiamo della bellezza del mondo microscopico e ... 
beh se avete voglia guardate questo video (LINK)  (mi dispiace avrei voluto caricarlo ma blogger accetta solo i video da youtube ).

P.S Personalmente consiglierei tutti i video di TED perchè in modi diversi li trovo tutti molto interessanti, ma questo a mio parere si ricollega un po' a quello che stiamo studiando: la micro-realtà.
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01/04/13

News dal mondo della genetica

Come saprete la genetica è una di quelle scienze 'in sviluppo'' e in questo periodo si stanno svolgendo molti studi sull'argomento DNA... per cui ci sono moltissime e interessanti notizie riguardanti questo campo della scienza.



Sinceramente non mi sembra il caso di fare ''copia-incolla'' di articoli scientifici ma vorrei consigliarvi il miglior (a mio parere) sito di news scientifiche italiano: Le Scienze.
In particolare vorrei consigliarvi gli articoli sulla genetica (che tra l'altro in questo periodo sta trattando diversi studi sulla clonazione) e la epigenetica, cioè la scienza che studia le variazioni genetiche non causate dalla diversa composizione del DNA.

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Un giro nel mondo di CSI

Vi siete mai chiesti come la scientifica riesce ad analizzare il Dna da campioni così piccoli? 
Beh ora scoprirete che tutto il merito va al premio Nobel Kary Mullis; infatti il chimico nel 1993 presentò una tecnica, la PCR (reazione a catena della polimerasi) capace di duplicare ''artificialmente'' sequenze di DNA.
Il campione di DNA trovato viene unito ad una soluzione contente molecole adibite alla DNA polimerasi e grandi quantità di basi azotate.
Inizialmente la soluzione viene scaldata provocando così la ''rottura'' dei due filamenti del DNA (fase di denaturazione); poi essa viene raffreddata per permettere ai primer di ''sistemarsi'' lungo i vari filamenti (fase di annealing) e le molecole di DNA polimerasi presenti nella soluzione iniziano la composizione del nuovo DNA (fase di allungamento).


Ecco tutto, ma detta così non sembra molto appassionante vero? 
Tranquilli per questo ci sono le bellissime animazioni del sito Learn Genetics (QUI) .. Naturalmente per chiunque fosse interessato.
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''Invito alla biologia plus'' Zanichelli
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